Natura 2000 est un projet européen et l’animation du site initialement menée par le Conseil Départemental des Alpes-Maritimes et gérée par le SMIAGE depuis le 1er janvier 2017. Le site Natura 2000 de la basse vallée du Var concerne le lit mineur du fleuve endigué et s’étend de l’embouchure du Var jusqu’à la confluence avec la Vésubie pour une superficie de 642 hectares. Il concerne les 15 communes riveraines du fleuve.
Malgré un contexte très marqué par les aménagements humains, la basse vallée du Var constitue la plus grande zone humide littorale des Alpes-Maritimes. Plusieurs types de milieux rares sont présents : vasières, bancs de galets, eaux libres, roselières et ripisylves. Le site possède donc un caractère attractif pour l’avifaune notamment les oiseaux d’eau qui y trouvent une halte migratoire, un site de nidification ou d’hivernage.
Plus de 200 espèces d’oiseaux fréquentent le site dont 52 d’intérêt communautaire. L’estuaire du Var est la zone la plus sensible de ce site, avec sa richesse écologique d’une part et sa position délicate de l’autre. Malgré l’interdiction de pénétrer sur le site, cette zone est très fréquentée notamment par un public divaguant et des braconniers. Le site Natura 2000 « Basse Vallée du Var » est un site d’intérêt majeur pour l’avifaune puisqu’il constitue la plus importante zone humide littorale du département et de la Côte-d’Azur surnommé « La petite Camargue » par les connaisseurs.
Une hausse de la fréquentation humaine non autorisée sur le secteur aval au niveau de l’embouchure du Var est régulièrement constatée et présente des impacts sur la biodiversité exceptionnelle de cet espace. Depuis 2019, la réglementation a évolué sur le site puisque le SMIAGE a installé un double arrêté de protection biotope à l’embouchure. La protection du site reste une action prioritaire.